2013 – STUDIO DEL FENOMENO DELLA RICOMBINAZIONE TRA STIPITI DI PRRSV CIRCOLANTI IN ALLEVAMENTI DEL NORD ITALIA
Parole chiave: PRRSV, Italia, ricombinazione, ORF5, ORF7
La ricombinazione tra differenti stipiti del virus della PRRSV è stata riportata sia in vitro sia in vivo. Ciononostante evidenze di ricombinazione da studi di campo sono rare e principalmente ottenute dalla comparazione di sequenze da campionamenti su larga scala. Questo studio è rivolto ad indagare questo fenomeno su piccola scala usando 162 campioni ottenuti da suini di allevamenti di tre regioni del Nord Italia e raccolti tra il 2009 e il 2012.
L’analisi di ricombinazione è stata condotta su ORF5, ORF7 e loro concatenazione tramite il programma RDP3. È stata eseguita la predizione in silico degli epitopi target della GP5 degli stipiti ricombinanti più signiicativi. La storia ilogeograica dei pattern di migrazione degli stipiti di PRRSV, considerando la provincia come livello minimo, è stata ricostruita usando l’approccio bayesiano implementato in BEAST. In totale sono state ottenute le sequenze di 114 ORF5, 84 ORF7 e 50 sequenze concatenate. È stata evidente la predizione di tre eventi di ricombinazione. Due mostravano almeno un breakpoint nella regione non sequenziata tra ORF5 e ORF7, il terzo evento comprendeva la regione di ORF5 includendo parte del maggiore epitopo di neutralizzazione. L’identiicazione a distanza di tempo degli stessi stipiti ricombinanti nella medesima azienda depone a favore di una loro signiicativa itness. L’analisi ilogeograica ha rivelato alcuni tassi di migrazione adeguatamente supportati da signiicatività statistica.
